V Lipně nad Vltavou se zhoršila kvalita vody, na Orlíku má voda mírně zhoršené vlastnosti. Po koupeli v rybníku Hejtman na Třeboňsku se doporučuje osprchovat čistou vodou, rybník Staňkovský je ke koupání nevhodný.

Nejlepší vodu ke koupání naleznou nyní rekreanti v Jihočeském kraji v Radavě v orlické přehradě. Podle hygieniků tam dosahuje nejvyšší možné kvality. Na jiných místech kvalitu vody snižují mimo jiné sinice nebo vodní květ. Vyplývá to z aktuálních rozborů českobudějovické krajské hygienické stanice.