Ačkoliv se ke konci války přestěhovalo budějcké gestapo do Hardmuthovy vily na dnešní Lidické třídě, dlouho v ní nevydrželo. 5. května roku 1945 vypuklo v Praze povstání proti nacistické okupaci, které se rychle šířilo do celé země. Ještě téhož dne se velitel budějckého gestapa Hans Möhrbek rozhodl se svými zaměstnanci opustit město.

Nejméně 1500 zatčených prošlo během II. světové války budějckým gestapem. Mnoho z nich se dočkalo teroru, mučení a smrti. Zatímco někteří gestapáci působili na jihu Čech jen několik týdnů, našli se tací, kteří se zde zdržovali po celou dobu války.