Společnost Gen-Trend zapůjčila nemocnici automat na izolaci vzorků k analýze na koronavirus

Pane inženýre, představte nám, prosím, vaši firmu?
Firma vznikla před více jak deseti lety seskupením lidí, kteří se zabývali biotechnologiemi a zejména pak molekulární biologií. Specializujeme se na vývoj diagnostických metod pro detekci různých patogenů v oblasti humánní a veterinární medicíny.  Naší specializací jsou bakteriální infekce dutiny ústní. Díky spolupráci se stomatology nám chodí do laboratoří velké množství vzorků, ze kterých izolujeme DNA a provádíme identifikaci patogenů způsobujících např. parodontitidu (lidově paradentózu).  Na základě naší analýzy pak stomatolog volí způsob léčby.  Manuální izolace DNA je zdlouhavý proces a časem jsme museli pořídit automatický izolátor nukleových kyselin. No, a to je právě přístroj, který jsme nyní mohli zapůjčit českobudějovické nemocnici. 

K čemu vlastně přístroj slouží?
Lékař potřebujete vědět, zda je v odebraném vzorku pacienta přítomen hledaný původce onemocnění. Jednou z cest je, že laboratoř hledá ve vzorku DNA tohoto původce, u některých virů pak RNA.  DNA, případně RNA, je něco, co je pro každý organismus jedinečné.  My například víme, jak vypadá RNA koronaviru, a proto se snažíme ji ve vzorku najít. To probíhá ve dvou krocích. První je takzvaná izolace, kdy se RNA ze vzorku získá.  Této látky je ve vzorku však strašně málo a není možné ji v této fázi ještě obrazně řečeno „vidět“. Proto přichází na řadu druhý krok, který dokáže RNA, respektive její specifikou část, nejdříve přepsat a následně mnohonásobně pomnožit, vyrobit miliony stejných kopií. Tomu se říká polymerázová řetězová reakce (PCR).  Druhým krokem získáte tudíž mnohonásobně více fragmentů nukleové kyseliny, než jste vyizolovali v prvním kroku. Toto množství pak už dokážete snadno detekovat. Druhý krok je obecně v laboratořích prováděn na výkonných přístrojích, které zpracovávají většinou 96 vzorků najednou. Problémem je ale první krok, který laboratoře brzdí ve výkonu.  Náš přístroj slouží právě k automatizaci prvního kroku. Běžně se dělá izolace manuálně, což je proces náročný, pomalý a svým způsobem i rizikový.   Náš automat, který jsme zapůjčili, dokáže izolovat 16 vzorků najednou za hodinu a půl. Tím se proces izolace urychlí, navíc se to děje zcela automaticky a pracovník může mezitím zpracovávat další vzorky.

U koho se vlastně zrodila myšlenka zapůjčit automat českobudějovické nemocnici?
Za myšlenkou stojí náš bývalý kolega virolog Václav Hönig, který v současné době pracuje v Parazitologickém ústavu Akademii věd, která se také zapojila do testování na koronavirus. Vzpomněl si, že naše laboratoř vlastní automat a inicioval jeho zapůjčení.

Nechybí vám nyní přístroj?
Chybí, ale takto se přece nyní nedá přemýšlet. Jsme rádi, že jsme mohli nějak pomoci. Původně jsme zvažovali, že bychom vzorky na přítomnost koronaviru testovali sami, ale k tomu nám chybí personální kapacity, hlavně administrativní. Tak jsme pomohli alespoň takto a my se vrátili zpátky k ruční izolaci vzorků. Produktivita práce je v tomto okamžiku tedy o něco nižší.

Čemu se ve vašich laboratořích věnujete?
Vedle již zmíněných servisních analýz je naší doménou výzkum a vývoj. V současnosti se podílíme například na vývoji biotechnologie pro odbourávání farmak v odpadních vodách, dále na vývoji preparátů pro inhibici virových a bakteriálních onemocnění včel, vývoji preparátů pro biologickou ochranu rostlin a pododobně Doménou však zůstává mikrobiální osídlení dutiny ústní.  Jako jedni z mála v republice se zabýváme analýzou patogenů (bakterií) způsobujících parodontitidu, a to včetně určení dědičných predispozic pro toto onemocnění.  Díky tomu jsme měli možnost spolupracovat například s Fakultní nemocnicí u svaté Anny v Brně na výzkumu, který byl zaměřen na parodontální patogeny jako možné původce systémových onemocnění, konkrétně ischemické choroby srdeční.  Některé patogeny způsobující parodontitidu byly nalezeny na srdečních chlopních, což podpořilo hypotézu, že parodontitida může být jedním z faktorů při rozvoji tohoto onemocnění. Parodontitidou trpí každý pátý člověk ve středním věku a zprvu se vnímala jako něco co má spíše kosmetický význam než jakýkoliv jiný.  V současnosti však čím dál více vědeckých studií ve světě dává parodontitidu a bakterie, které ji způsobují do souvislosti například i s cukrovkou, osteoporózou či dokonce s předčasnými porody.  Z hlediska vědecké perspektivy je toto téma pro nás extrémně zajímavé.

Na úplný závěr bych ale zmínil věc, která vždy nakonec zajímá veřejnost z naší činnosti nejvíce. Pokud chytnete klíště, tak u nás Vám ho, v případě potřeby, vyšetříme na přítomnost původců některých onemocnění, jako je klíšťová encefalitida, borelióza a další do 2 hodin.  Klíště je v našich končinách velký fenomén. Nakonec je to největší přenašeč neuroinfekcí ve střední Evropě.